San Giovanni Battista è una delle più antiche Chiese del Lario ed è la Chiesa madre di Varenna.
La chiesa di San Giovanni Battista è un edificio religioso, probabilmente risalente al XI secolo, situato a Varenna, in provincia di Lecco, nella centrale piazza San Giorgio, sul lato opposto rispetto alla chiesa di San Giorgio. Secondo alcuni, avrebbe in passato ricoperto il ruolo di sede originaria della parrocchia di Varenna.
Risalente all’ XI secolo, conserva al suo interno successivi affreschi del XVI secolo che decorano l’abside e l’arcata trionfale; sul muro rivolto verso meridione, procedendo da ovest verso est, si notano le tracce di tre raffigurazioni di Santi: Cristoforo con il piccolo Gesù, Giorgio a cavallo, Giovanni Battista. Sul muro settentrionale si dispiega una grande Epifania.
Conservato qui anche un trittico da pala d’altare in cui vengono raffigurati al centro la Madonna con il Bambino, alla destra S. Giorgio e sulla sinistra San Martino Vescovo.
Il campanile romanico è, infine, costruito verso lago, come era consuetudine anticamente, mentre le campane sono quelle del 1730 donate dai nobili Serponti.
Già attestata nel 1143, la chiesa fu ampliata nel 1151, come riportato su una lapide settecentesca. Nel Liber Notitiae Sanctorum Mediolani scritto nel XIV secolo da Goffredo da Bussero, l'edificio risultava utilizzato come magazzino.
Ad oggi non è ancora chiaro se questa chiesa abbia costituito o meno la sede originaria della pieve di Varenna.
Oggi l'edificio è costituito da un'aula rettangolare coperta con tetto a capriate lignee e chiusa sul lato orientale da un'abside. L'interno è decorato con affreschi, restaurati da Enzo Vicentini, raffiguranti a sinistra l'Adorazione dei Magi, a destra San Giovanni Battista con altri Santi e San Giorgio che uccide il drago, all'angolo con la parete occidentale San Cristoforo e nel catino absidale il Redentore tra la Vergine e il Battista. Tra le opere pittoriche si trova anche un affresco strappato proveniente dalla casa Serponti raffigurante la Madonna con Bambino realizzato nel 1612 per volere di Giovanni Maria Serponti.
San Giovanni Battista è raffigurato in un frammentario affresco posto sulla parete meridionale del XIV secolo. Allo stesso autore e alla stessa epoca si fanno risalire un altro frammento pittorico raffigurante San Giorgio che trafigge il drago per salvare la principessa, della quale si vedono solo parti delle vesti, e, forse, una Adorazione dei Magi sulla parete settentrionale.