La chiesa di S. Margherita a Pigra è situato in posizione isolata, vicino al cimitero. La facciata della chiesa è a capanna con ali laterali, intonacata e dipinta e con zoccolatura in pietra; posta in posizione panoramica domina il lago con il suo campanile.
La chiesa è a tre navate, con cappelle alla fine delle navatelle laterali ed un lungo presbiterio che termina con un abside poligonale. Sul lato sinistro del presbiterio è situato un locale intonacato e dipinto ma non decorato, con tetto piatto, collegato con l'ingresso laterale della chiesa. Sul lato destro della chiesa sono situate la sacrestia ed il campanile, entrambi integrati nel perimetro del corpo di fabbrica principale. La facciata della chiesa è a capanna con ali laterali, intonacata e dipinta e con zoccolatura in pietra; il protiro è dotato di due colonne e di paraste in serizzo ed è coperto con una volta a vela affrescata; i prospetti della chiesa sono scanditi da lesene e specchiature geometriche, con zoccolo intonacato e dipinto.