La chiesa, ubicata ad un livello inferiore rispetto all’attuale tracciato della statale Regina, presenta una facciata a due ordini scandita da lesene sulle quali si imposta il timpano terminale. Al centro si apre un elegante portale lapideo sopra il quale vi sono due nicchie con statue di Santi. Sul lato sinistro si eleva il campanile con struttura di origine romanica e cella campanaria settecentesca completata da lanternino ottagonale.
L’interno è a tre navate separate da pilastri ed è caratterizzato dalla veste decorativa settecentesca che orna le pareti e le volte delle navate e del presbiterio con ampie quadrature che incorniciano le Storie di S. Stefano e la Gloria di S. Stefano. La prima cappella destra presenta una decorazione seicentesca, che comprende stucchi ed affreschi sulle pareti e sulla volta (Adorazione dei Pastori, Trinità e Fuga in Egitto) e due tele ai lati (Natività di Maria e Assunzione), ma conserva sulla parete di fondo anche un affresco rinascimentale che raffigura l’Adorazione dei Magi. L’altare maggiore conserva una pregevole pala cinquecentesca che raffigura il Martirio di S. Stefano.
Da una botola nella navata si accede alla sottostante cripta che conserva frammenti di affreschi con figure di Sante forse risalenti al XIV secolo. La cripta è composta da un ambiente a pianta trapezoidale a cinque campate con volte a crociera suddiviso in tre navate separate da colonne e concluso da tre nicchie.
I capitelli utilizzati sono di reimpiego e vengono tradizionalmente ritenuti di origine tardo paleocristiana od altomedievale. In particolare i semicapitelli delle pareti laterali sembrano riferibili al VI-VII secolo mentre alcuni capitelli centrali potrebbero essere più tardi. Particolarmente interessanti le transenne di chiusura delle finestrelle nella zona absidale.
L’edificio corrisponde alla chiesa matrice della pieve di Lenno e costituiva insieme al Battistero di S. Giovanni Battista il fulcro di una zona sacra che comprendeva anche due cappelle dedicate a S. Zeno e a S. Maria, successivamente demolite, e l’area cimiteriale.
L’antichità di tale complesso è documentata da alcune lapidi pagane e cristiane in gran parte risalenti al VI secolo, oggi collocate nell’atrio, sul fianco sinistro e nella cripta. Particolarmente importante la cripta, tradizionalmente riferita alla seconda metà del secolo XI, che testimonia la fase di età romanica e fu forse costruita su un edificio termale romano.
La chiesa fu ampiamente modificata nei secoli successivi: nella seconda metà del XVI secolo furono sistemati l’altare e la zona del presbiterio in cui fu realizzata la serliana, in seguito fra il 1615 e il 1618 furono rifatte le volte e infine nel 1698 fu completata la facciata.
Al XVIII e XIX secolo risalgono invece alcune decorazioni ed arredi interni e l’oratorio di S. Lucia, sul fianco destro della chiesa, edificato nel 1717 per la Confraternita del Santissimo Sacramento.