Oratorio romanico, databile al secolo XI-XII, ad una sola navata terminata da un’abside semicircolare. Sulle pareti si conservano alcune tracce di affreschi di epoca romanica. Sul fianco settentrionale della chiesa si eleva il suggestivo campanile, caratterizzato da una cella campanaria innestata sopra il fusto di epoca romanica.
La chiesa si presenta oggi con una muratura a vista con blocchi sbozzati di pietra di Moltrasio entro la quale si aprono le monofore a doppia strombatura e i semplici portali architravati. Lungo la parete della navata e dell’abside corre una cornice ad archetti pensili. Sull’arco che precede la facciata si conserva un resto di affresco con la firma del pittore bresciano Aragono Aragonio, autore di una tela nel Santuario della Beata Vergine del Soccorso.
L’interno della chiesa è ad aula unica con abside semicircolare. Sulle pareti si conservano alcune tracce di affreschi: nella controfacciata una Madonna col Bambino e Santi con offerenti, sulla parete destra e sulla parete sinistra Episodi della vita di Santa Maria Maddalena. Infine nel catino dell’abside restano labili tracce di un affresco in cui si intravedono alcuni segni zodiacali. Completano l’arredo della chiesa la balaustra e l’elegante paliotto settecentesco con la figura di Santa Maria Maddalena e lo stemma dei Giovio.
Sul fianco settentrionale della chiesa si eleva il campanile con una suggestiva cella campanaria innestata sopra il fusto di epoca romanica che si caratterizza per la presenza di singolari elementi decorativi come le bifore entro sagome cuspidate con cornici cordonate e le rozze testine.
La chiesa dedicata a Santa Maria Maddalena era parte del complesso dell’Antico Hospitalis di Stabio destinato all’accoglienza dei pellegrini e dei poveri e collocato a margine del tracciato dell’antica via Regina.
L’edificio, di origine romanica, viene tradizionalmente riferito al secolo XI come conferma un documento del 1169 che cita la chiesa insieme all’annesso ospedale. Nei secoli successivi al campanile romanico fu aggiunta la cella campanaria tardogotica, probabilmente risalente al XV secolo, e furono realizzati gli affreschi che decorano le pareti interne. Nelle descrizioni della fine del XVI secolo la chiesa si presentava a navata unica, coperta da volte e decorata con pitture. Nel 1722 fu aggiunto il paliotto in scagliola, opera dell’intelvese Pietro Solari, e fu completata la cornice dell’ancona eseguita dal pittore Giovanni Domenico Dobler.
Nel 1900 fu realizzato un primo intervento di restauro sul campanile, per il quale fu proposto un completamento in stile gotico dell’architetto Luigi Perrone. I lavori, eseguiti secondo il progetto dell’architetto Giuseppe Ramponi, portarono alla realizzazione di un tetto a quattro falde sopra la cella campanaria. Un secondo intervento fu realizzato nel 1932 quando furono rimosse le strutture della cantina addossata all’abside, furono demolite le volte delle tre campate della chiesa e fu rifatto il tetto.
Fra il 1937 ed il 1939 sotto la direzione dell’ingegnere Antonio Giussani e con la supervisione del Soprintendente Gino Chierici furono realizzati nuovi lavori nel corso dei quali fu rimosso l’intonaco esterno della chiesa e del campanile, fu demolita la torre granaio contigua alla chiesa e si ricostruì la facciata prendendo come modello la chiesa di San Giacomo a Spurano.